ניכוי מס במקור הינו אחד הכלים רבי העוצמה שיש לרשות המיסים לוודא התנהלות נאותה וציות של העסקים מול רשות המיסים.
הניכוי במקור קובע ללקוח שעומד להעביר תשלום לעסק, איזה אחוז מהתשלום הוא יעביר למס הכנסה על חשבון המקדמות שלו ואת היתרה יעביר לבעל העסק.
לדוגמא: אם לקוח צריך להעביר לספק 1,000 ₪, ובתוספת מע"מ (17%) התשלום הוא 1,170 ₪. ונניח שלעסק יש ניכוי במקור בשיעור של 5%, אזי יעביר הלקוח את התשלום לפי הפרוט הבא:
סה"כ תשלום (כולל מע"מ) 1,170 ₪
ניכוי מס במקור בשיעור 5% (58.5) ₪
יתרה להעברה לספק 1,111.5 ₪
הלקוח יעביר לספק 1,111.5 ₪ ויעביר למס הכנסה 58.5 ₪. סה"כ הלקוח יעביר לספק 1,170 ₪ (הניכוי במקור הינו מכל סך התשלום, כולל המע"מ).
בסוף שנה, יעביר הלקוח לעסק אישור על הכספים שהוא ניכה לו במקור, וסכום זה יעמוד לזכותו בדוח השנתי, כחלק מתשלום המקדמות שלו.
השאיפה של העסקים בארץ, היא שיהיה להם פטור מניכוי מס במקור. כלומר שהלקוח המשלם יעביר להם את מלא התמורה ללא ניכוי למס הכנסה (ניכוי בשיעור 0% – פטור מניכוי מס במקור).
אם לעסק מסוים יש ליקוי בהתנהלות מול רשויות המס, רשות המיסים עלולה לבטל את הניכוי מס במקור. במקרה זה, שאין לחברה ניכוי מס במקור, על הלקוחות שצריכים לשלם לעסק לנכות את המקסימום שבתקנות, לפי הפרוט הבא:
1. שירותים ונכסים – 30%
2. תוצרת חקלאית – 15%
3. עמלות ביטוח – 40%
4. סוגי שכר מסוימים – 45%
כלומר, אם רשות המיסים מבטלת לעסק מסויים את הניכוי במקור, אזי על הלקוחות של העסק להעביר לעסק רק 70% מהתשלום (כולל המע"מ). מאחר ולרוב הנכסים הרווח הנקי שלהם נמוך מ- 30% אחוז, הרי העסק לא יוכל לעמוד בגזירה זו מבחינה תזרימית, ולכן זוהי גזירה שהעסק לא יוכל לעמוד בה.
